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DICOM数据标准化
DICOM数据标准化模块分为三部分,基本使用流程是在【DICOM标准化(模式一)】与【DICOM标准化(模式二)】两者选一后,如需进一步操作则使用【生成DICOM数据子集】模块。
提示
注意单多中心的选择
(一)DICOM标准化(模式一)
DICOM标准化(模式一)适用于文件夹结构已经按被试(患者)分组的情况。在此过程中,会根据每个被试的DICOM头文件(如采集时间、模态、序列信息等)重新进行数据归类,并转换为标准化的NIFTI格式文件,入口位置如下图所示。
进入【DICOM标准化(模式一)】模块后,如下图,①点击【创建任务】按钮创建一个任务,②填写任务名称后点击【保存】,③点击【进入】按钮进入该任务。
进入任务后,如下图即数据选择界面,①在左侧【我的个人空间文件列表】中指定要处理的文件夹;②点击【数据格式检查】按钮进行数据格式检查;③待检查无误后,点击【下一步】按钮开始任务。
进入数据加载界面,如下图所示,①点击【开始加载数据】加载所要处理的数据,才可以②点击【下一步】。
加载完的数据如下图。
进入模态标准化界面,如下图所示。①点击【创建模态字段】,在弹框中输入字段名称,用以标识某一类的影像数据,创建了一个CT薄层数据的模态字段;②点击【添加序列】按钮,③在下框中选择属于该字段的数据序列;④点击【确定】按钮;⑤展示的表格最右侧会出现一列以CT薄层数据命名的一列,并将所选的数据序列添加到该列中;⑥上一步完成后,点击【下一步】,此时会弹出确认数据弹窗,点击红框中的‘>’可展开序列信息,确认无误后,点击【确定】按钮,进入【下一步】。
进入查看结果界面,展示所归类的数据信息,①可选择红框内的自定义字段名进行切换显示;②点击【查看人口学资料】按钮,可查看当前模态字段的人口统计学信息,展示出性别及年龄(平均值±标准差);③确认无误后,点击【保存】按钮,可将结果进行保存。
(二)DICOM标准化(模式二)
适用于处理文件夹结构不规范或不统一的情况。无论文件夹内的文件如何组织,整理功能会根据DICOM头文件的PatientID信息重新进行被试划分,之后再依据采集时间、模态、序列信息等自动将数据归类,并生成标准化的NIFTI文件。
进入【DICOM标准化(模式二)】模块,如下图所示。与创建进入DICOM数据标准化步骤类似①点击【创建任务】按钮创建一个任务,②填写任务名称点击【保存】,③创建完成后点击【进入】按钮进入该任务。
进入数据选择界面,如下图所示,首先,①从左侧【我的个人空间文件列表】选择要整理的DICOM文件夹;然后注意应选文件格式说明,②点击【开始整理】按钮,进行下一步。
数据加载完毕如下图,没问题后点击下一步,如下图所示。
①点击创建模态字段,在弹窗中输入要创建的字段,②创建完毕后,点击添加序列,勾选需要的部分,③完成后点击下一步,如下图所示。
如下图所示,确认弹框中的数据,确认无误点击确定。
整理完毕,查看结果或保存。
(三)生成DICOM数据子集
提示
注意:这一模块的操作必须要在【DICOM标准化(模式一)】或【DICOM标准化(模式二)】之后进行操作,此模块的输入是【DICOM标准化】的输出。
适用于DICOM标准化任务后的结果数据集需要进一步筛选的情况。可根据自定义的筛选条件(例如层厚、部位等)筛选出符合要求的数据子集。
进入【生成DICOM数据子集】,与创建进入DICOM数据标准化步骤类似①点击【创建任务】按钮创建一个任务,②填写任务名称点击【保存】,③创建完成后点击【进入】按钮进入该任务。
进入数据选择界面,①从左侧【我的个人空间文件列表】选择从【DICOM数据标准化】保存的YRC文件;②点击【数据格式检查】按钮,③点击【下一步】。
进入数据加载页面,如下图所示,点击【开始读取】按钮,进行读取YRC文件数据。加载完成后,展示YRC文件中的数据信息,检查无误后,点击【下一步】。
进入多条件筛选页面,如图所示。①左侧分为【参数筛选】和【时间筛选】,当前选择【参数筛选】;②鼠标浮于【选择显示参数】时,可自定义显示哪些参数作为筛选参数;③点击图中红框内的按钮,可进行按条件筛选,④也可点击【重置筛选条件】按钮,进行重新筛选。
接下来①点击【时间筛选】进行切换,如下图3.1.21所示;②点击【新增时间间隔】,在弹出的模态列表中勾选两个模态字段;(如图若参数小于2个,则禁用该功能)③点击【确定】,即可在表格中看到新增的一列时间差计算结果,即对同一病人的两个模态序列的采集时间作差。可对计算出的时间差进行筛选、时间单位切换操作;④若无需筛选,可忽略此步骤并直接点击【下一步】。
最后查看结果界面,该界面展示筛选后的数据信息,点击【切换表格形式】按钮,可转换数据展示形式,如下图所示,红色数字表明数据数量可能存在异常,提醒用户检查。确认无误,选中要保存的数据,点击【保存】按钮,保存筛选结果。(建议新建文件夹保存结果数据,保存结果包括YRC文件及对应的NIFTI数据。)